Das beschließende Organ der Katholischen Gesamtkirchengemeinde Freiburg ist der Katholische Gesamtstiftungsrat. Ihm gehören von jeder Mitgliedskirchengemeinde ein bis drei Mitglieder an. Zusätzlich zu den dann insgesamt 40 Laienmitgliedern kommen noch zehn Geistliche hinzu. Der Dekan und die/der Vorsitzende des Dekanatsrates sind kraft Amtes Mitglied des Gesamtstiftungsrates.
Der Katholische Gesamtstiftungsrat entscheidet über alle wichtigen und grundsätzlichen Maßnahmen. Er beschließt den Haushalt der Gesamtkirchengemeinde und die Bestellung des Geschäftsführers.