Die Agathakapelle wurde in den Wirren des 30jährigen Krieges weitgehend zerstört und 1699 wieder aufgebaut. Bauherr war Pfarrer Jakob Müller. Dabei wurden Teile der zerstörten Kirche mit einbezogen, wie man am Portal, dem gotischen Chorfenster und den freigelegten Freskenresten erkennen kann. 

Im 18. Jahrhundert waren immer wieder kleinere Reparaturarbeiten notwendig.

Im 19. Jahrhundert (1820) wurde unter Pfarrer Joseph Andreas Seghel für 22 Gulden der barocke Josefsaltar gekauft. Dieser Altar stammte aus dem Freiburger Münster und war eine Stiftung von 17 Freiburger Bürgern. Das Altarblatt des hl. Josef ist ein Werk des Münchner Hofmalers Johann Degler. Bemerkenswert sind auch die beiden Statuen an den Seitenwänden des Altarraums. Sie stellen die Patronin St. Agatha und Maria Magdalena dar. Sie wurden vermutlich von dem Freiburger Meister Andreas Hochsing geschaffen.